基因组所开发“编码卵白质DNA序列并行比对工具—ParaAT”
九游会j9基因组科学与信息重点实验室章张研究员，向导其团队乐成开发“编码卵白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”,该研究效果揭晓在Biochemical and Biophysical Research Communications杂志。
同源序列比对是生物信息学普遍接纳的剖析要领之一，其中，编码卵白质DNA序列比对最为常见，在较量基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有主要的基础作用。为获取响应的比对效果，通常接纳的要领是先比对后回译（back-translate），此要领比直接举行DNA序列比对更可靠、准确。然而，现有相关的工具每次只能处置惩罚一组同源序列，无法实现多组同源序列的比对事情。
鉴于古板工具所爆发的误差，基因组所科研职员接纳并行盘算（Parallel Computing）战略开发ParaAT，实现了多组同源编码卵白质DNA序列的并行比对。履历证，ParaAT可大大降低运行时间，获得较好的并行加速比（speedup），因此，适合大规模、同源序列的比对事情。
ParaAT可在差别操作系统下运行，支持多种差别的输特殊式，利便后续相关的生物信息学剖析（诸如：用于检测自然选择压力的KaKs_Calculator）。
文章链接：http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2012.02.101
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